La Academia tiene dos órganos de difusión, los Anales y el Boletín. El Bibliotecario y el Comité de Biblioteca y Publicaciones tienen a su cargo su edición y distribución.

Los Anales se publicarán semestralmente y en ellos se incluirán los textos de los trabajos de incorporación de los Académicos, conferencias, memorias, comunicaciones y demás documentos de interés institucional y médico. La Dirección de los Anales está a cargo del Académico de Número, Dr. Alberto Ramírez Ramos.

El Boletín es el órgano encargado de difundir el resumen de las actividades institucionales, noticias médicas de actualidad y otras de interés institucional. Será una publicación bimestral y está a cargo de un Subcomité, cuyo Director es el Académico Emérito, Dr. Octavio Mongrut y como Miembros los Académicos Eméritos, Drs. José Neyra y César Zapata.

Adicionalmente, se editan mensualmente dos hojas informativas: el Comité de Bienestar y Asistencia Social publica la “Carta Correspondencia de la Amistad” con información de interés para los académicos y el Comité de Población y Medio Ambiente edita “Notas Demográficas y de Salud Ambiental”, correspondiendo cada mes a un departamento del Perú.